Stefan Mathis-Edenhofer hat im Jahr 2004 an der Universität Innsbruck das Doktoratsstudium Humanmedizin und 2007 an der Privaten Universität für Gesundheitswissenschaften, Medizinische Informatik und Technik GmbH (UMIT) das Diplomstudium Biomedizinische Informatik abgeschlossen, schon während des Studiums arbeitete er am Institut für Informationssysteme (IIG). Danach war er fünf Jahre am Ludwig Boltzmann Institut Health Technology Assessment (LBI HTA) in Wien beschäftigt.
Im Jahr 2012 wechselte er zur Gesundheit Österreich GmbH.